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Créer une stratégie efficace de test du COVID-19

Si vous envisagez de mettre en œuvre un programme de dépistage du COVID-19 sur le lieu de travail (lieu de travail, communauté ou autre) ou si vous avez déjà commencé, vous vous êtes probablement rendu compte que vous avez pas mal de questions à poser et de décisions à prendre. Une composante importante d'un programme de dépistage sur le lieu de travail réussi consiste à disposer d'une stratégie de dépistage solide. Celle-ci déterminera la charge de travail de votre équipe et, surtout, l'impact sur votre productivité et vous fournira un plan pour savoir quand et qui tester.

Examinons quelques-unes des questions importantes auxquelles votre stratégie de test doit répondre.

Pourquoi faisons-nous des tests ?

Les tests vous donnent le pouvoir de la connaissance. Savoir si les employés sont potentiellement infectieux ou non vous aidera à prendre des décisions importantes sur la façon dont vous menez vos affaires. Avec le COVID-19 sur site, une organisation peut :

  • Créez des zones de travail exemptes de virus, permettant à votre personnel de travailler en toute sécurité et en toute confiance.
  • Prendre des décisions opportunes et informées pour mettre en œuvre la réponse de l'organisation à COVID-19.
  • Offrir la tranquillité d'esprit aux employés, aux clients et aux membres de la communauté.
  • Faites en sorte qu'il soit facile pour le personnel d'effectuer des tests fréquents, et évitez les visites dans des centres de test centralisés et les longs délais d'exécution des tests.
  • Contribuer à l'effort global de dépistage dans leur communauté et aider à stopper la propagation du COVID-19.

Lors de la création de votre stratégie, il est important de garder à l'esprit la raison pour laquelle vous élaborez une stratégie de test. Cela vous aidera à vous concentrer sur ce que vous espérez obtenir et vous fournira un cadre pour les décisions que vous devrez prendre lors de l'élaboration et de la mise en œuvre de votre stratégie.

Quel type de test devons-nous mettre en place ?

Pour tous les tests COVID-19 approuvés actuellement sur le marché, qu'ils soient basés sur l'antigène ou la PCR, il ne devrait y avoir aucun problème de fiabilité, si ces tests sont réalisés correctement, par le personnel approprié, et en utilisant l'espace, l'équipement et les réactifs appropriés pour réaliser le test. La véritable question devrait être de savoir quel type de test utiliser pour obtenir des informations spécifiques concernant la situation du COVID-19.

Les tests PCR sont actuellement le type de test le plus couramment utilisé pour détecter si une personne a une infection active par le COVID-19. Ces tests recherchent le matériel génétique du virus SRAS-CoV-2 qui cause le COVID-19. Une fois l'échantillon prélevé par un professionnel de la santé, ces tests peuvent être effectués rapidement (1 à 2 heures) sur le lieu du test ou dans un grand laboratoire central (de quelques heures à quelques jours). Ces tests constituent l'étalon-or et peuvent être utilisés pour diagnostiquer une infection par le COVID-19 sans qu'il soit nécessaire de procéder à d'autres tests de confirmation. Ils nécessitent souvent un équipement spécialisé pour effectuer le test (par exemple, un thermocycleur) mais, s'ils sont correctement configurés, ils peuvent être utilisés dans un environnement distant. Les solutions mobiles de RT-PCR, telles que notre test Biomeme SARS-CoV-2, sont portables, rapides, connectées au cloud, fournissent des résultats précis et utilisent un très faible encombrement dans une pièce dédiée. Avec cette nouvelle génération de thermocycleurs portables, il n'est pas nécessaire d'installer un laboratoire coûteux. Un personnel de laboratoire clinique formé peut, avec une formation adéquate sur l'équipement (généralement 1 ou 2 jours), effectuer des tests et fournir des résultats dans un délai très court, généralement autour de 2 heures.

Les tests antigéniques, souvent appelés "tests rapides", sont également utilisés pour détecter si une personne est actuellement infectée, mais ils sont généralement plus performants si la personne présente des symptômes depuis quelques jours. Ces tests sont conçus pour détecter des morceaux des protéines qui composent le virus. Une fois qu'un échantillon est prélevé par un prestataire de soins de santé, les tests d'antigènes peuvent souvent être effectués rapidement (de quelques minutes à environ une heure), mais ils sont parfois envoyés à un laboratoire central. Il faut garder à l'esprit que pour les tests antigéniques actuellement sur le marché, un test PCR supplémentaire peut être nécessaire pour confirmer un résultat de test antigénique. Ces exigences varient d'un endroit à l'autre, alors assurez-vous de vérifier auprès des autorités sanitaires locales.

Pour plus d'informations sur les différences entre les tests, veuillez lire notre blog "Tests antigènes, anticorps ou PCR : Quelle est la différence ?".

Quels sont les aspects du test qui sont importants ?

Même si vous avez décidé de tester par PCR ou par antigène, il est important de se rappeler que tous les tests ne sont pas égaux. Les principaux facteurs à prendre en compte sont les suivants :

  • Précision: Il est important de disposer d'un test à la fois très sensible et spécifique, car cela permet de détecter le virus. La sensibilité est la capacité d'un test à identifier correctement les personnes atteintes de la maladie (vrais positifs), tandis que la spécificité est la capacité du test à identifier les personnes non atteintes de la maladie (vrais négatifs). Ce point est crucial car la maladie continue de se propager si un patient positif est déclaré négatif (un faux négatif - nous y reviendrons plus tard). La précision du test dépend de trois facteurs principaux.
    1. La sensibilité du test lui-même et son degré de précision.
    2. Prélèvement et préparation de l'échantillon (en veillant à ce qu'il ne soit pas contaminé)
    3. Le moment du prélèvement des échantillons. Il s'agit de la quantité de charge virale qui peut être prélevée et détectée par PCR ou par antigène, qui ont des niveaux de détection différents. divers points d'infection. Au début de l'infection, la charge virale est plus faible et donc plus difficile à détecter. Un test plus précis sera capable de détecter un niveau plus faible du virus, plus tôt dans le cycle de l'infection, jouant ainsi un rôle important dans la détection précoce.
      • Par exemple, les performances de notre test PCR COVID-19 mobile sont en concordance avec les tests de référence dans les analyses cliniques et les études de validation.
  • Rapidité : assurez-vous que le temps nécessaire pour obtenir les résultats du test choisi correspond à votre stratégie de test. Souvent, un programme de test sur site est lancé pour protéger une main-d'œuvre sur place. Ce type de stratégie nécessite généralement des résultats rapides, afin qu'une décision rapide puisse être prise si un employé ou un visiteur est testé positif. Notre test Biomeme COVID-19 fournit 9 résultats en 60 minutes environ (hors extraction de l'ARN).
  • Commodité : La plupart des employeurs qui mettent en place des tests sur site n'ont pas le luxe de disposer d'un grand laboratoire ou d'un espace supplémentaire pour abriter des équipements de laboratoire encombrants. Il est donc important de trouver un système de test qui soit pratique, simple et qui s'adapte bien aux paramètres de votre établissement. Notre test est portable, il se présente sous la forme d'une valise rigide de la taille d'un bagage à main, pèse moins de 1,5 kg et peut fonctionner sur batterie pendant 5 heures, ce qui permet de réaliser des tests de dépistage du SRAS-CoV-2 même dans des endroits reculés. Les tests mobiles peuvent être effectués sur place, dans des établissements de santé, des cliniques, des écoles, des lieux de travail et, plus important encore, dans des sites de test communautaires éloignés et pop-up.
  • Simple : Si un test est trop compliqué, il allongera le processus d'obtention des résultats et nécessitera du personnel supplémentaire et une formation sur l'utilisation du test. Notre solution mobile PCR peut être décomposée en 3 étapes simples : Collecte de l'échantillon (écouvillon), préparation de l'échantillon (extraction de l'ARN) avec un processus d'extraction très simple et facile qui utilise des réactifs lyophilisés - cela évite de mélanger et de combiner la chimie humide. Et enfin, traiter l'échantillon en le plaçant dans le thermocycleur et en le laissant suivre son cours.
  • Résultats numériques : Recherchez un test qui inclut la sécurité et la commodité supplémentaires des résultats numériques et anonymes. Les résultats de votre test seront fournis par le biais d'un smartphone grâce à notre solution mobile.
  • Non affecté par les variantes : Avec l'émergence des variantes, il devient de plus en plus important de tester les COVID et de s'assurer que votre test n'est pas affecté par ces variantes. Recherchez des options de test qui ne sont pas affectées par ces variantes afin de vous assurer que vous disposez de capacités étendues pour ces tests. Notre test SRAS-CoV-2 de Biomeme n'est pas affecté par les variantes les plus récentes B.1.1.7 (Royaume-Uni), B.1.351 (Afrique du Sud), P.1 (Brésil) B.1.427 et B.1.429 (Californie).

Une brève remarque sur le sujet des faux négatifs potentiels en rapport avec la section Précision ci-dessus. Les faux négatifs sont plus insaisissables que les faux positifs. Ils peuvent être attribués à une mauvaise préparation de l'échantillon ou à un réactif défectueux. Mais qu'en est-il de la sensibilité du test ?

Les patients présentant des symptômes reviennent rarement avec des résultats faussement négatifs. Mais les patients qui ne présentent pas de symptômes et dont l'échantillon a été prélevé 5 jours ou plus avant l'apparition des symptômes sont très susceptibles de renvoyer un faux négatif car la charge virale peut être trop faible pour être détectée. Cela signifie qu'en principe, les personnes ne présentant pas de symptômes et dont le test est négatif devraient idéalement être testées à nouveau 5 à 6 jours plus tard.

Graphique montrant la relation entre le risque de faux positif et le jour du test. Il est intéressant de voir que la courbe monte après le dixième jour.

Une étude publiée dans Annals of Internal Medicine, en août 2020[1], a passé en revue 7 études précédemment publiées, testant 1330 personnes, afin d'établir une estimation du taux de faux négatifs par jour depuis l'infection. Selon cette étude, les échantillons prélevés dans les voies respiratoires supérieures présentent des taux différents de tests positifs selon le stade de l'infection.

Le graphique ci-dessous montre qu'au cours des 4 jours d'infection précédant le moment typique d'apparition des symptômes (jour 5), la probabilité d'un résultat faux négatif chez une personne infectée diminue de 100 % (IC 95 %, 100 % à 100 %) le jour 1 à 67 % (IC, 27 % à 94 %) le jour 4. Le jour de l'apparition des symptômes, le taux médian de faux négatifs était de 38 % (IC, 18 % à 65 %). Ce taux a diminué à 20 % (IC, 12 % à 30 %) le 8e jour (3 jours après l'apparition des symptômes). Ce résultat est important car il montre l'importance de la sensibilité d'un test, et illustre également le fait que le moment du prélèvement de l'échantillon peut grandement affecter les résultats.

Qui doit être testé ? Et à quelle fréquence ?

Un protocole de dépistage doit être créé, ce qui implique de décider qui sera testé. Voici quelques lignes directrices qui peuvent aider à établir un protocole.

  • LesCDC recommandent à toute personne présentant des signes ou des symptômes du COVID-19 de se faire tester, indépendamment de son statut vaccinal ou d'une infection antérieure.
  • L'OMS recommande que toute personne présentant des symptômes soit testée, dans la mesure du possible. Les personnes qui ne présentent pas de symptômes mais qui ont été en contact étroit avec une personne infectée ou susceptible de l'être peuvent également envisager de se faire dépister - contactez les autorités sanitaires locales et suivez leurs recommandations.
  • Santé Canada recommande aux professionnels de la santé d'évaluer les personnes en fonction de leurs symptômes, des conditions médicales sous-jacentes et du risque d'exposition au virus. Santé Canada indique également que les autorités de santé publique de chaque région ont élaboré leur propre approche pour tester les personnes en fonction du contexte local. Le meilleur moyen de savoir qui doit être testé et à quelle fréquence est de contacter l'autorité de santé publique locale pour obtenir plus d'informations.

La mise en place d'un protocole pour savoir qui et quand ils se font tester peut inclure les éléments suivants :

  • Test des entrepreneurs/visiteurs (volontaire) lorsqu'ils se présentent sur le site.
  • Test des employés - cette cadence doit être adaptée à la fréquence des allées et venues des employés sur le site. S'il s'agit d'un travail posté, vous pouvez effectuer un test tous les quelques jours, s'ils sont sur le site pendant quelques semaines, un premier test, puis peut-être quelques jours à une semaine plus tard pour vous assurer qu'un faux négatif n'a pas été capturé.

Selon les directives des CDC, si un test est négatif, cela signifie que le SRAS-CoV-2 n'a pas été trouvé dans l'échantillon. Toutefois, un test peut donner un faux négatif si l'échantillon a été prélevé trop tôt dans l'infection. Dans ce cas, la même personne dont le test était initialement négatif pourrait être positive plus tard au cours de sa maladie. Pendant ces jours-là, elle aurait exposé d'autres personnes, mais un test faussement négatif lui aurait permis de continuer à infecter d'autres personnes.

  • Certains départements ou employés peuvent avoir besoin d'être testés plus fréquemment que d'autres, et cela dépendra de la fréquence de leurs interactions avec d'autres personnes, et s'ils présentent un risque d'exposition plus élevé. Ex. Le service de la chaîne d'approvisionnement/livraison sera plus souvent en contact avec d'autres personnes et présentera un risque d'infection plus élevé que l'employé du bureau interne.
  • Un employé/contractant/visiteur présentant des symptômes doit être testé.
  • Un employé/contractant/visiteur qui a voyagé doit être testé.
  • La mise en œuvre d'un processus/questionnaire de dépistage, de formulaires de consentement et d'autres mesures visant à assurer la sécurité de tous (masques, désinfectants, distanciation, etc.) doit également être mise en œuvre indépendamment des méthodes de test que vous utilisez ou non.

Que ferez-vous si vous avez un résultat positif ?

En cas de test positif, l'Agence de la santé publique du Canada (ASPC), en collaboration avec des experts canadiens en santé publique, a élaboré des lignes directrices à l'intention des autorités de santé publique (ASP) fédérales/provinciales/territoriales (FPT) afin d'appuyer la gestion des personnes infectées ou qui pourraient avoir été infectées par le COVID-19 (c.-à-d. les " cas ") et des contacts des cas de COVID-19 dans leur territoire.

Il est important que les fournisseurs de soins de santé informent les ASP des cas de COVID-19 conformément aux exigences de déclaration de la juridiction. Les ASP doivent assurer la coordination générale avec les fournisseurs de soins de santé pour la gestion et la déclaration des cas, et établir des liens de communication avec tous les fournisseurs de soins de santé concernés pendant toute la durée de la maladie. Les ASP doivent signaler les cas confirmés de COVID-19, ainsi que les cas probables lorsque cela est possible, à l'ASPC dans les 24 heures suivant la réception de leur propre notification. De plus amples renseignements sont disponibles dans le guide sur la surveillance nationale de la maladie à coronavirus (COVID-19).

Pourquoi faut-il continuer à faire des tests même avec le vaccin ?

Lenteur de la mise en place des vaccins, sur la base de l'offre actuelle : Santé Canada estime que la majorité des Canadiens seront entièrement vaccinés d'ici septembre 2021. D'ici là et dans les mois qui suivent, il faut continuer à masquer, à distancier socialement et à effectuer des tests de diagnostic.

On ne sait pas encore combien de temps les vaccins COVID-19 peuvent protéger les gens(CDC, Fully Vaccinated), et les tests pourront diagnostiquer une infection et aider à contrôler la propagation.

Les vaccins actuellement autorisés se sont révélés efficaces pour prévenir l'infection par le COVID-19. Une dose du vaccin Moderna ou Pfizer s'est avérée efficace à 80 % pour empêcher une personne vaccinée d'être infectée par le COVID-19, tandis que deux doses semblent être efficaces à 90 % pour empêcher la personne d'être infectée. Bien que la propagation du virus d'une personne vaccinée à des personnes non vaccinées soit faible, elle est possible. C'est pourquoi les personnes entièrement vaccinées doivent tout de même être prudentes et continuer à prendre des mesures de sécurité.[2]

Il est important de comprendre qu'un test viral (antigène ou PCR) détecte s'il y a une infection en cours, et qu'une personne ne sera pas testée positive après avoir reçu un vaccin COVID-19. Cependant, après avoir été vacciné et avoir développé une réponse immunitaire, certains tests d'anticorps peuvent être positifs. Il est toutefois important de noter que les tests d'anticorps ne sont pas utilisés pour dépister une infection actuelle, ils indiquent seulement une infection passée.(CDC, Fully Vaccinated)

En résumé, le dépistage du COVID-19 contribue à protéger nos employés, nos collègues, nos aînés et la communauté dans son ensemble. Selon Santé Canada, le dépistage demeure le seul moyen de confirmer si une personne est actuellement atteinte du COVID-19, et il s'agit d'un outil important :

  • Arrêter la propagation du virus et prévenir les épidémies communautaires
  • Détecter et isoler les personnes atteintes de COVID-19
  • Suivi des contacts proches d'une personne dont la présence de COVID-19 a été confirmée (recherche des contacts).
  • Mieux comprendre le virus

Le test permet d'établir un diagnostic positif ou négatif du COVID-19, ce qui contribue à minimiser la propagation en s'assurant que les cas positifs suivent les protocoles appropriés et s'isolent des autres. Il peut également aider à la recherche des contacts, qui est effectuée de manière confidentielle par les responsables de la santé publique ou d'autres personnes ayant reçu une formation appropriée. Les tests jouent et continueront de jouer un rôle important dans le retour à un rythme de vie plus "normal" et le redémarrage de notre économie.


1] Variation du taux de faux négatifs des tests de dépistage du SRAS-CoV-2 basés sur la transcriptase inverse et l'amplification en chaîne par polymérase en fonction du temps écoulé depuis l'exposition, Lauren M. Kucirka, MD, PhD, Stephen A. Lauer, PhD, Oliver Laeyendecker, PhD, MBA, Denali Boon, PhD, Annals of Internal medicine, août 2020.

2] Thompson MG, Burgess JL, Naleway AL, et al. Interim Estimates of Vaccine Effectiveness of BNT162b2 and mRNA-1273 COVID-19 Vaccines in Preventing SARS-CoV-2 Infection Among Health Care Personnel, First Responders, and Other Essential and Frontline Workers - Eight U.S. Locations, December 2020-March 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2021;70:495-500. DOI : http://dx.doi.org/10.15585/mmwr.mm7013e3external icône.

Variantes du COVID-19

Au cours des derniers mois, nous avons enrichi notre vocabulaire relatif à la pandémie : variants, séquençage du génome, surveillance génomique sont autant de nouveaux mots "à la mode" dont nous avons entendu parler dans l'actualité.

Les variants, c'est-à-dire les variations de l'ARN du virus, sont une préoccupation majeure pour les scientifiques et les autorités sanitaires du monde entier, car il semble qu'ils se propagent plus rapidement que le virus "original" identifié. Pour mieux comprendre ce que sont les variants, commençons par examiner de plus près ce qu'est un virus.

Un virus est un agent infectieux submicroscopique qui ne se réplique qu'à l'intérieur des cellules vivantes d'un organisme. Le SRAS-CoV-2 est un virus à enveloppe d'ARN monocaténaire. Les composants de son ARN sont l'adénine, l'uracile, la cytosine et la guanine. Ces bases s'apparient d'une manière spécifique : AU (adénine-uracile) ou GC (guanine-cytosine) pour former un brin d'ARN. Au cours du cycle de vie intracellulaire, les coronavirus utilisent le matériel génétique de la cellule hôte pour exprimer et répliquer leur ARN génomique afin de produire des copies complètes qui sont incorporées dans les particules virales nouvellement produites.[1]

Qu'est-ce qu'une variante du COVID-19 et comment surviennent-elles ?  

Au fil du temps, les virus changent et s'adaptent à leur environnement. Les mutations des virus produisent des variantes. Ce processus se produit chez tous les virus. Il ne s'agit pas d'un processus propre au virus COVID-19. Comme tous les virus à ARN monocaténaire, le COVID-19 possède un seul brin d'ARN constitué d'une séquence d'ARN spécifique. Cette séquence a été précédemment identifiée à partir du virus d'origine. Les scientifiques ont pu lire la séquence génétique, identifier et marquer le virus COVID-19, qui s'est avéré être un virus différent des virus Corona précédemment identifiés, comme par exemple le virus Corona qui a provoqué l'épidémie de SRAS en 2002.

Au fur et à mesure que la pandémie progressait, les scientifiques ont continué à examiner la séquence d'ARN des virus COVID-19 extraits d'un échantillon de personnes infectées. Ils ont fini par noter des différences dans les séquences génétiques au niveau des paires de bases AU et GC. Ces séquences génétiques mutées provenaient d'échantillons collectés en Angleterre, en Afrique du Sud et au Brésil.

Pour comprendre une variante virale, imaginons un livre par analogie. Un scientifique a écrit la version originale du livre et il a donné des copies de ce livre à tous les scientifiques du monde. Le livre représente le virus, et les pages représentent la séquence génomique de ces différents variants de COVID-19. Tous les scientifiques lisent le même livre, c'est comme s'ils décodaient la séquence du virus. Tous leurs livres ont le même nombre de pages, de chapitres et de paragraphes, tous organisés de la même manière. Cependant, les différences, qui représentent les variantes virales, sont représentées par des fautes de frappe dans certaines phrases d'un paragraphe d'une page donnée. Ces coquilles sont le signe d'une variante - une sorte d'édition différente du livre. Ces variantes influent sur la façon dont un virus évolue et devient plus apte à pénétrer dans les cellules pour s'y reproduire.

Figure 1 : Exemple simple d'une mutation de l'ARN

Il est très difficile de repérer ces différences génomiques ; seuls des spécialistes de laboratoire expérimentés et compétents disposant d'un équipement hautement spécialisé sont capables de distinguer les différents brins de virus - c'est ce qu'on appelle le séquençage génomique. Le séquençage permet de décoder le virus du début à la fin, en cartographiant l'ensemble du code génétique du début à la fin. Le décodage du virus COVID-19 consiste à lire sa séquence d'ARN, une paire de bases à la fois. Le séquençage génomique est beaucoup plus coûteux et long que l'exécution d'un test PCR pour vérifier la présence virale dans un échantillon de patient.

Comment avons-nous trouvé les variantes de COVID-19 ?

L'augmentation du nombre de cas positifs en Angleterre, en Afrique du Sud et au Brésil a permis de constater que le taux d'infection était plus élevé dans ces pays que dans les autres. La communauté scientifique a considéré cette augmentation du taux d'infection comme un élément auquel il fallait prêter attention, car elle s'attendait à ce que le COVID-19 mute et donne naissance à de nouveaux variants, compte tenu de l'expérience passée avec des virus similaires. En comparant des échantillons prélevés sur des patients infectés dans ces trois pays et en les comparant à la signature génomique du brin connu et largement répandu du COVID-19, les scientifiques ont découvert que la séquence génomique était différente. Chacun de ces trois variants présentait des différences distinctes dans sa séquence d'ARN.

Actuellement, trois variantes bien définies du SRAS-CoV-2 sont préoccupantes. Elles circulent dans le monde entier et semblent rendre le virus plus transmissible[2]:

  • la variante B1.1.7 originaire du Royaume-Uni,
  • la variante B.1.351 originaire d'Afrique du Sud, et
  • la variante P.1 originaire du Brésil.

"Les scientifiques ont maintenant étudié la situation avec ces variantes et ont constaté qu'elles ont effectivement tendance à se propager plus rapidement, qu'elles sont plus transmissibles ou plus infectieuses. Par exemple, le variant B1.1.7 (variant du Royaume-Uni) présentait 22 modifications de codage sur l'ensemble du génome du virus, ce qui a suscité l'inquiétude de toute la communauté scientifique. Cependant, jusqu'à présent, ces variantes ne semblent pas entraîner une maladie plus grave ou un taux de mortalité plus élevé, ni aucune sorte de manifestations cliniques différentes." [3],[4]

L'impact de ces variantes sur la santé humaine est encore à l'étude. Le3 février 2021, des chercheurs de la London School of Hygiene & Tropical Medicine (LSHTM) ont publié une analyse de certaines des données, suggérant que le risque de décès est environ 35 % plus élevé pour les personnes dont l'infection par la nouvelle variante est confirmée[5]. D 'autres études provenant du Royaume-Uni suggèrent que davantage de données sont nécessaires avant d'affirmer que ces variantes, en particulier la variante britannique, seraient plus mortelles que le virus COVID-19 original.

D'autres études sont nécessaires pour comprendre le paysage de la situation et évaluer la différence des taux de mortalité entre les différents variants de COVID-19. Il est également impératif que l'effort mondial pour tracer et limiter la propagation de ces variants s'intensifie et s'étende à davantage de pays.

En suivant la trace de ces variantes à mesure qu'elles apparaissent chez les patients dans différentes régions, nous pouvons déterminer l'origine de cette variante et la combiner avec l'historique des voyages de cette personne lorsqu'elle a été introduite dans la région. Ce point est crucial pour distinguer les infections dues à un voyage de celles dues à une propagation communautaire. Le traçage du virus et de ses mutations fournit également aux autorités sanitaires des informations essentielles pour formuler des recommandations concernant le contrôle des épidémies et l'affectation des ressources.

On parle encore beaucoup des mutations et du fait que les virus mutés sont aujourd'hui plus contagieux et plus mortels. Cependant, il est important de noter que toutes les mutations ne sont pas toujours favorables au virus. 

Ce qui préoccupe la communauté scientifique, ce sont les mutations réussies du virus. Il est important de comprendre que ces mutations ne sont qu'une série d'essais et d'erreurs du processus de multiplication du virus, probablement au hasard, et que les plus adaptées survivront et se multiplieront. La course est maintenant lancée pour essayer d'identifier et de comprendre les variantes afin de préparer des vaccins plus efficaces pour arrêter la propagation de variantes plus résistantes.

PCR et séquençage génomique 

Un test PCR confirmera la présence du virus, mais il ne sera pas en mesure de faire la distinction entre les différentes variantes. La réaction en chaîne par polymérase (PCR) utilise l'ARN original du COVID-19 pour identifier la présence du virus. Les performances de notre solution mobile RT-qPCR ne sont pas affectées par les variantes du COVID-19 qui ont été identifiées jusqu'à présent. Nos clients peuvent contribuer à l'identification de tout variant potentiel en s'assurant que tous leurs tests positifs sont envoyés aux autorités sanitaires locales responsables des tests COVID et du séquençage génomique pour les variants.

Un effort continu

L'étude des données de séquençage du génome entier (WGS) du SRAS-CoV-2 a permis de faire de nombreuses découvertes importantes sur cet agent pathogène. Mais nous aurons besoin de davantage de données de séquençage provenant d'échantillons du monde entier pour trouver des approches efficaces de contrôle et de prévention des infections au COVID-19, en particulier des formes mutées du virus. Des scientifiques du monde entier collaborent pour générer et partager ces informations précieuses et les appliquer au diagnostic de la maladie et aux efforts de contrôle. 

Il est fort possible que d'autres variantes apparaissent et le maintien de l'attention et des efforts sur le séquençage aidera à se préparer contre les vaccins et la résistance aux traitements.

Au Canada, la réduction de l'impact des nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 est un élément essentiel de la réponse mondiale au COVID-19. Génome Canada, par son leadership du Réseau canadien de génomique COVID (CanCOGeN), fait partie d'un effort national intégré pour identifier, comprendre et suivre rapidement la distribution de ces variantes au Canada.

Les dernières restrictions sur les voyages et les tests obligatoires lorsque les gens reviennent au Canada après un voyage à l'étranger aideront certainement à repérer ces variantes. Ces mesures ne plaisent peut-être pas à de nombreux voyageurs, mais elles jouent un rôle crucial dans l'identification des variantes potentielles qui entrent dans nos pays, la plupart du temps par des voyageurs ne présentant aucun symptôme.

Les programmes de dépistage et de détection du COVID-19 sur site utilisant des solutions qPCR doivent revoir leurs stratégies de dépistage et de test pour s'assurer qu'elles sont conformes aux dernières exigences de leur autorité sanitaire locale. Cela permettra également de s'assurer qu'une stratégie est en place pour prendre en compte les variants actuellement identifiés. 

Dans le cadre d'une nouvelle stratégie du gouvernement du Canada sur les variantes préoccupantes, CanCOGeN collabore avec le Laboratoire national de microbiologie de l'Agence de la santé publique du Canada (ASPC), Santé Canada, les Instituts de recherche en santé du Canada (IRSC) et d'autres partenaires provinciaux et territoriaux pour intensifier rapidement les efforts de séquençage génomique et de recherche afin de détecter de nouvelles variantes, d'accroître les capacités de partage des données en temps réel et d'éclairer les interventions appropriées en matière de santé publique.

C'est la raison pour laquelle les éventuels échantillons positifs doivent être analysés afin d'identifier les variantes, l'origine probable, et ainsi avoir une meilleure réponse proactive pour commencer la recherche des contacts.

Ensemble, nous pouvons faire la différence !


[1] Wu, Katherine J., Smithsonian Magazine, 15 avril 2020.

[2] Génome Canada, 12 février 2020

[3 ] Dr. Wendt Barclay, chef du département des maladies infectieuses à l'Imperial College de Londres, 22 décembre 2020.

4] Dr Soumya Swaminathan, OMS, 8 janvier 2021.

[5] Davies, N. et al. Préprint à medRxiv https://doi.org/10.1101/2021.02.01.21250959 (2021).

Tests d'antigènes, d'anticorps ou PCR : Quelle est la différence ?

Tests d'antigènes, tests d'anticorps, tests PCR (Polymerase Chain Reaction). ... quelle est la différence ? Lequel est le plus fiable ? Lequel est le mieux adapté à ma situation ?

Plus le nombre de cas COVID-19 augmente, plus il est nécessaire de tester un plus grand nombre de personnes. Même avec l'espoir offert par les vaccins, il ne fait aucun doute que le dépistage des coronavirus est toujours nécessaire et reste un élément essentiel pour contrôler la propagation de cette pandémie mondiale. La raison en est simple : des tests précis et fiables constituent un moyen éprouvé et efficace de ralentir la propagation du SRAS-CoV-2, le virus qui provoque la COVID-19. Le ralentissement de la propagation de ce virus mortel permettra de sauver des vies, de réduire la charge qui pèse sur nos systèmes de santé et d'assurer la sécurité de notre personnel. Les types de tests actuellement disponibles sur le marché ont fait l'objet de nombreuses discussions dans les médias et lorsque l'on tient compte de ceux qui sont en cours de développement, il peut être difficile de décider quelle approche de test est la mieux adaptée à une situation donnée.  

Les tests d'antigènes, d'anticorps et de PCR ont tous leurs avantages et leurs inconvénients. Il est important de distinguer que ces tests ne recherchent pas tous la même chose. À mesure que de nouveaux tests sont mis sur le marché, en particulier les tests d'antigènes et d'anticorps, il est important de comprendre ces différences et de savoir quel test convient à telle ou telle situation.

Pour tout test COVID-19 approuvé actuellement sur le marché, qu'il soit basé sur les antigènes, les anticorps ou la PCR, il ne devrait y avoir aucun problème de fiabilité, si ces tests sont effectués correctement, par le personnel approprié, et en utilisant l'espace, l'équipement et les réactifs appropriés pour effectuer le test. La véritable question devrait être de savoir quel type de test utiliser pour obtenir des informations spécifiques concernant la situation COVID-19. Comparons les trois méthodologies de test en prêtant attention à des éléments tels que ce que le test détecte, comment et où le test est généralement effectué et, surtout, quel type d'informations le test fournit et dans quelle situation il est le plus utile.

Les tests PCR sont actuellement le type de test le plus couramment utilisé pour détecter si une personne est atteinte d'une infection COVID-19 active. Ces tests recherchent le matériel génétique du virus du SRAS-CoV-2 qui provoque la COVID-19. Une fois qu'un échantillon est prélevé par un professionnel de la santé, ces tests peuvent être effectués rapidement (1 à 2 heures) sur le lieu du test ou peuvent être réalisés dans un grand laboratoire central (de quelques heures à quelques jours). Ces tests sont la référence et peuvent être utilisés pour diagnostiquer une infection COVID-19 sans aucun test de confirmation supplémentaire. Ils nécessitent souvent un équipement spécialisé pour effectuer le test (par exemple, un thermocycleur) et, s'ils sont correctement configurés, ils peuvent être utilisés dans un environnement éloigné.

Les tests antigènes, souvent appelés "tests rapides", sont également utilisés pour détecter si une personne est actuellement infectée, mais ont tendance à être plus performants si une personne présente des symptômes depuis quelques jours. Ces tests sont conçus pour détecter des morceaux des protéines qui composent le virus. Une fois qu'un échantillon est prélevé par un prestataire de soins de santé, les tests antigènes peuvent souvent être effectués rapidement en attendant (de quelques minutes à une heure environ), mais ils sont parfois envoyés à un laboratoire central. Une chose à garder à l'esprit est que pour les tests d'antigènes actuellement sur le marché, un test PCR supplémentaire est nécessaire pour confirmer un résultat de test d'antigènes. Comme les tests d'antigènes ne nécessitent généralement pas beaucoup d'équipements spéciaux, ils peuvent être bien adaptés à des environnements éloignés.

Enfin, les tests d'anticorps (également appelés tests sérologiques, mais à ne pas confondre avec les tests d'antigènes) recherchent les anticorps COVID-19 dans le sang et constituent la méthode de test la moins utilisée pour le dépistage des COVID-19 dans l'ensemble de la population. Les anticorps sont des molécules fabriquées par le système immunitaire en réponse au SRAS-Cov-2. Un test d'anticorps positif peut donc indiquer que la personne a été exposée ou infectée par le virus dans le passé. Comme les tests d'anticorps nécessitent une prise de sang, les échantillons sont presque exclusivement prélevés par un professionnel de la santé et envoyés à un laboratoire pour y être testés. Bien que les tests d'anticorps ne soient pas les mieux adaptés pour déterminer si une personne est actuellement infectieuse, il peut être utile de comprendre qui a été exposé au virus dans le passé. 

Le tableau suivant, adapté de la publication de DC Health, résume et développe les différences entre ces trois types de tests.

SUJETTEST PCRTEST ANTIGENTEST D'ANTICORPS (SÉROLOGIE)
QUE CHERCHE LE TEST ?Les tests PCR recherchent des morceaux de matériel génétique provenant du SRAS-CoV-2, en utilisant des échantillons du nez, de la gorge ou d'autres zones des voies respiratoires.Les tests d'antigènes recherchent les morceaux de protéines qui composent le virus SRAS-CoV-2, en utilisant des échantillons provenant du nez, de la gorge ou d'autres zones des voies respiratoires.Les tests sérologiques recherchent les anticorps1, molécules produites par la réponse immunitaire contre le SRAS-CoV-2 dans le sang.
QUE VOUS DIT LE TEST ?Détermine si la personne est atteinte d'une infection active (c'est-à-dire actuelle).Détermine si la personne est atteinte d'une infection active (c'est-à-dire actuelle).Détermine s'il y a eu une infection dans le passé.
COMMENT LE TEST EST-IL EFFECTUÉ SUR LES PERSONNES ?Dans la plupart des cas, un prélèvement nasopharyngé ou nasal est effectué par un prestataire de soins et testé ; toutefois, les prélèvements buccaux et la salive sont également acceptables. Parfois, le test peut être effectué pendant que vous attendez, mais le plus souvent, le prélèvement doit être envoyé à un laboratoire pour être testé. Dans la plupart des cas, un prélèvement nasopharyngé ou nasal est effectué par un prestataire de soins et testé. Le plus souvent, le test peut être effectué pendant que vous attendez, et parfois le prélèvement doit être envoyé à un laboratoire pour être testé. Dans la plupart des cas, un échantillon de sang est prélevé par un prestataire de soins et envoyé à un laboratoire pour y être analysé.
QUAND EST-CE UTILE ?Elle peut aider à déterminer qui est atteint d'une infection active, quels que soient les symptômes de la personne.
-Elle peut aider à identifier les personnes qui sont contagieuses pour les autres.
-Dans les communautés où les taux de transmission sont faibles et où les efforts d'atténuation sont efficaces, le test PCR est plus fiable pour détecter une infection active.
-Il permet d'identifier avec précision les personnes qui sont ou ne sont pas infectées par le CoV-2 du SRAS.
Pour une personne présentant des symptômes, il peut être utilisé comme un test au point de service afin de déterminer rapidement qui est atteint d'une infection active.
-Il peut aider à identifier les personnes qui sont contagieuses pour les autres.
-C'est un test moins coûteux que la PCR.
-Il donne de meilleurs résultats 5 à 7 jours après l'apparition des symptômes, dans les premiers stades de l'infection par le CoV-2 du SRAS.
Il permet d'identifier les personnes qui ont eu une infection dans le passé, même si elles ne présentaient aucun symptôme de la maladie.
-Dans certains cas, il pourrait aider à déterminer quand la COVID-19 s'est produite puisque nous savons que l'IgM se forme avant l'IgG et que l'IgM disparaît avant l'IgG.
-Il peut aider à déterminer qui peut donner du plasma en convalescence (un produit sanguin qui contient des anticorps contre COVID-19 et qui peut être utilisé comme traitement contre COVID-19).
-Si de nombreuses personnes passent le test dans une communauté, cela peut aider les responsables de la santé publique et les chercheurs à savoir quel pourcentage de la population a déjà eu COVID-19.
LIMITESElle ne permet pas de déterminer qui a eu une infection dans le passé.
-Il vous donne également un résultat pour le moment où l'échantillon a été prélevé et ne peut pas prédire si vous resterez négatif. Par exemple, si vous êtes en quarantaine après une exposition, un test négatif ne vous permet pas d'arrêter la quarantaine.
-Dans certaines personnes, le virus peut être trouvé par PCR dans le nez et la gorge pendant plusieurs semaines, voire plus longtemps que leur période infectieuse (le temps qu'elles soient contagieuses pour d'autres personnes).
-Ce test nécessite certains types de tampons et de réactifs qui peuvent être en quantité limitée.
Les meilleurs résultats sont obtenus avec ceux qui sont symptomatiques, et cela n'aidera pas à déterminer qui a eu une infection dans le passé.
-Les tests antigènes ont une sensibilité3 plus faible que les tests PCR, il peut donc y avoir des résultats faussement négatifs.
-Dans le cas de personnes présentant des symptômes ou ayant subi une exposition connue, les tests négatifs doivent être traités comme un résultat préliminaire et confirmés par un test PCR.
S'il est utilisé trop près du début d'une infection, il peut donner un résultat négatif. C'est pourquoi il ne doit pas être utilisé pour détecter une infection COVID-19 active.
-Dans les régions où il n'y a pas eu beaucoup de cas de COVID-19, un grand nombre des résultats positifs du test seront des faux positifs (voir Valeur prédictive positive2). Certains tests de détection des anticorps ont une faible sensibilité3 et une faible spécificité4 et peuvent donc ne pas donner de résultats fiables.
-Certains tests d'anticorps peuvent présenter une réaction croisée avec d'autres coronavirus qui ne sont pas du type SRAS-CoV-2, ce qui entraîne des résultats faux.
-Nous ne savons pas encore si le fait d'avoir des anticorps contre le virus qui cause le COVID-19 peut protéger une personne contre une nouvelle infection ou, si c'est le cas, combien de temps cette protection pourrait durer. Tant que les scientifiques n'auront pas plus d'informations sur la protection offerte par les anticorps contre la réinfection par ce virus, chacun doit continuer à prendre des mesures pour se protéger et protéger les autres. Cela implique notamment de rester à au moins deux mètres des autres personnes (distanciation sociale), même si elles ont subi un test d'anticorps positif.
QUE SIGNIFIE UN RÉSULTAT DE TEST POSITIF ?Un test PCR positif signifie que la personne testée a une infection COVID-19 active.Un test antigène positif signifie que la personne testée a une infection COVID-19 active.Un test d'anticorps positif signifie que la personne testée a été infectée par le COVID-19 dans le passé et que son système immunitaire a développé des anticorps pour tenter de le combattre. En attendant que les scientifiques obtiennent davantage d'informations sur la protection offerte par les anticorps contre la réinfection par ce virus, chacun doit continuer à prendre des mesures pour se protéger et protéger les autres. Cela implique notamment de rester à au moins deux mètres des autres personnes (distanciation sociale), même si elles ont eu un test d'anticorps positif.
QUE SIGNIFIE UN RÉSULTAT DE TEST NÉGATIF ?Un test PCR négatif signifie que la personne n'était probablement pas infectée au moment où son échantillon a été prélevé.
Cela ne signifie pas qu'une personne ne tombera pas malade - cela signifie seulement qu'elle n'avait pas de COVID-19 au moment du test.
Un test antigénique négatif signifie que les protéines virales du CoV-2 du SRAS n'ont pas été détectées.
Chez les personnes présentant des symptômes ou ayant subi une exposition connue, un test négatif n'exclut pas la présence de COVID-19. L'individu doit être mis en quarantaine jusqu'à ce qu'un test PCR de confirmation puisse être effectué.
Un test d'anticorps négatif signifie que la personne n'a peut-être pas eu de COVID-19 dans le passé. Cependant, elle pourrait toujours avoir une infection actuelle, et le test d'anticorps a été effectué trop tôt pour donner un résultat positif.

1 L'organisme forme des anticorps pour combattre les infections. L'immunoglobuline M (IgM) est le premier anticorps formé contre un germe. Elle apparaît donc en premier lors des tests, généralement dans un délai de 1 à 2 semaines. L'organisme forme ensuite l'immunoglobuline G (IgG), qui apparaît lors des tests environ deux semaines après le début de la maladie. L'IgM disparaît généralement du sang en quelques mois, mais l'IgG peut durer des années. Certains tests d'anticorps permettent de détecter les IgM et les IgG, et d'autres ne détectent que les IgG.

2 La valeur prédictive positive est une mesure de la probabilité qu'un test positif soit un vrai positif plutôt qu'un faux positif. Cela dépend du nombre de personnes dans la population qui ont subi un test de dépistage de la maladie. Lorsque très peu de personnes dans la population ont eu la maladie, la probabilité d'un faux positif est plus élevée. Lorsqu'un grand nombre de personnes dans une population ont eu la maladie, alors il y a plus de chances qu'un test positif soit un vrai positif.

3 La sensibilité est parfois appelée "taux positif réel". Elle mesure la fréquence à laquelle le test est positif lorsque la personne testée est atteinte de la maladie. Par exemple, lorsqu'un test a une sensibilité de 80 %, il détecte 80 % des patients atteints de la maladie (vrais positifs). Cependant, 20 % des patients atteints de la maladie ne sont pas détectés (faux négatifs) par le test.

4 La spécificité est parfois appelée "taux négatif réel". Elle mesure la fréquence à laquelle le test est négatif alors que la personne testée n'est pas atteinte de la maladie. Par exemple, lorsqu'un test a une spécificité de 80 %, le test indique correctement que 80 % des patients non atteints de la maladie sont négatifs (vrais négatifs). Cependant, 20 % des patients non atteints de la maladie sont incorrectement identifiés comme étant positifs (faux positifs) par le test.

Il est important de se rappeler qu'aucun test n'est toujours précis à 100 %. Certains éléments peuvent affecter la précision du test, notamment

  • Vous avez peut-être le virus, mais le prélèvement ne le recueillera peut-être pas dans votre nez ou votre gorge.
  • L'écouvillon ou l'échantillon de mucus peut avoir été accidentellement contaminé par le virus lors du prélèvement ou de l'analyse.
  • Le prélèvement nasal ou pharyngé peut ne pas avoir été conservé à la bonne température avant d'être analysé.
  • Les produits chimiques utilisés pour extraire le matériel génétique du virus et faire des copies de l'ADN du virus peuvent ne pas fonctionner correctement.

Test COVID-19 à différents stades d'infection

Il est clair que chaque méthode de dépistage a ses avantages et ses inconvénients, et il y a une place pour les trois dans l'effort mondial de contrôle de la propagation de COVID-19. Comme le montre le tableau des tests COVID-19 à différents stades d'infection, il est clair que chaque jour d'infection compte, et que les tests plus sensibles permettent une détection plus précoce du virus, et nous pouvons voir quelle technologie peut être utilisée pour détecter le virus à des stades plus précoces. En ce qui concerne le dépistage de l'infection, le test PCR reste le type de test le plus couramment utilisé au Canada et aux États-Unis. Selon le Dr Christina Wojewoda, pathologiste à l'Université du Vermont et vice-présidente du comité de microbiologie du Collège des pathologistes américains, nous "devrions diagnostiquer les gens avec des tests PCR parce qu'ils sont les plus précis". Notre kit de test RT-PCR en temps réel SARS-CoV-2 peut apporter le test PCR sur les lieux de travail, dans les communautés et dans les centres de services, même dans les communautés les plus reculées. Notre approche offre un moyen sûr, facile et précis de réaliser des tests pour garantir un lieu de travail sûr.

Santé Canada approuve le dispositif de dépistage rapide du SRAS-CoV-2 fabriqué au Canada par Precision Biomonitoring

Les bandelettes de test TRIPLELOCK™ livrent les résultats de COVID-19 dans les 60 minutes
La première et la seule solution canadienne approuvée pour soutenir la réponse du Canada à la pandémie

GUELPH, Ontario, 4 novembre 2020 - Precision Biomonitoring a annoncé aujourd'hui avoir reçu l'approbation de Santé Canada pour ses bandelettes réactives thermostables prêtes à l'emploi SARS-CoV-2 TRIPLELOCKTM, qui seront utilisées dans tout le Canada. Les bandelettes de test TRIPLELOCK™ sont un test de diagnostic rapide et ponctuel par RT-PCR capable de fournir des résultats précis pour 9 échantillons en seulement 60 minutes. Ce test rentable, fabriqué au Canada, aidera le gouvernement et l'industrie à se concentrer sur la réouverture de l'économie en toute sécurité au milieu d'une deuxième vague du virus. Precision Biomonitoring a annoncé en juin qu'il avait reçu l'approbation et le financement de Next Generation Manufacturing Canada (NGen) pour soutenir la fabrication de son test thermostable prêt à l'emploi. 

"Nous sommes fiers d'ajouter une autre approbation de Santé Canada à la liste des dispositifs de test proposés par Precision Biomonitoring. Nous avons travaillé en étroite collaboration avec diverses industries au Canada pour les aider à ramener leur main-d'œuvre en toute sécurité, et nous sommes ravis d'étendre cette capacité", déclare le Dr Mario Thomas, PDG de Precision Biomonitoring. "Cette approbation signifie également que nous pouvons renforcer notre soutien continu aux gouvernements fédéral et provinciaux, ainsi qu'aux industries canadiennes".

Les bandelettes de test SARS-CoV-2 TRIPLELOCK™ sont conçues pour des diagnostics précis par RT-PCR au point de besoin, sont stables à température ambiante et ne doivent être utilisées que par du personnel de laboratoire qualifié. Les produits lyophilisés combinent les performances de précision les plus élevées de la RT-PCR avec la commodité d'utilisation et la stabilité, qui sont cruciales pour les régions éloignées du pays où l'accès adéquat à des tests précis peut être limité. 

"Nous sommes enthousiasmés par la nouvelle d'aujourd'hui car cette approbation est un énorme pas en avant pour les Canadiens alors que nous poursuivons notre combat contre COVID-19", déclare Eric Hoskins, ancien ministre de la santé et des soins de longue durée de l'Ontario et membre du conseil de la biosurveillance de précision. "La communauté des soins de santé s'est réunie de manière incroyable pour aider les Canadiens à se débrouiller dans cette pandémie mondiale. Le test thermostable TRIPLELOCK™ qui est maintenant disponible sera crucial sur les lieux de travail à travers le pays, dans les écoles et dans les zones rurales et éloignées, où des réponses doivent être apportées rapidement". 

La biosurveillance de précision a également reçu récemment l'approbation de la marque CE en Europe pour son test TRIPLELOCKTM SARS-CoV-2 en format de plaque 96 puits. Disponible pour une utilisation immédiate dans les laboratoires européens, la marque CE contribuera à répondre à la demande croissante de tests dans divers pays, y compris dans les régions à risque.

À propos de la biosurveillance de précision Rapid SARS-CoV-2 TRIPLELOCKTM Bandes d'essai 

Les bandelettes de test de Precision Biomonitoring, faciles à utiliser, constituent une solution mobile pour la communauté des soins de santé en Ontario et dans tout le Canada. Les bandelettes de test portables TRIPLELOCK™ peuvent être transportées sans réfrigération et, lorsqu'elles sont utilisées par du personnel de laboratoire qualifié, sont idéales lorsque les résultats sont nécessaires immédiatement sur les lieux de travail et dans les régions plus rurales et éloignées. Les bandelettes de test SARS-CoV-2 TRIPLELOCKTM détectent l'ARN du syndrome respiratoire aigu sévère, COVID-19. Les cibles ARN COVID-19 sont multiplexées avec un contrôle positif ARN. L'identification et le diagnostic précoces de COVID-19 sont essentiels pour assurer une réponse rapide, atténuant ainsi les éventuelles conséquences négatives supplémentaires du virus. 

À propos de la biosurveillance de précision  

Fondée en 2016 par une équipe de scientifiques de l'Institut de biodiversité de l'Ontario de l'Université de Guelph, Precision Biomonitoring provides TRIPLELOCK™ solutions de plateformes de surveillance sur site de l'ADN électronique qui permettent aux clients de détecter plus tôt les organismes pour une réponse plus rapide. Les clients sont tous les organismes qui ont besoin d'une surveillance sur site et d'une identification rapide de tout organisme dans tout environnement. L'équipe de Precision Biomonitoring est à la pointe des innovations technologiques dans le secteur de la génomique. Notre vision est celle d'un monde où nous pouvons identifier n'importe quel organisme sur place, en un instant, n'importe où sur la planète.  

Demandes de renseignements sur les ventes :
info@pbidiagnostics.com

Contact médias :
Meredith Adams
416-459-7086
Madams@national.ca

Mise en place d'un laboratoire de test COVID-19 sur votre lieu de travail

La lutte contre COVID-19 prend un nouveau tournant. Il existe aujourd'hui plus de solutions de test qu'il y a quelques mois à peine. En raison de la forte demande de nombreux services, biens et marchandises, un grand nombre de sociétés et d'entreprises doivent maintenir leur site de travail pleinement opérationnel tout en assurant la santé et la sécurité de leurs employés, entrepreneurs et clients. 

De nombreuses entreprises choisissent désormais d'utiliser les solutions de test RT-PCR nouvellement disponibles et approuvées dans leurs installations, ce qui témoigne de leur engagement et de leur sérieux en matière de santé et de sécurité de leurs employés, entrepreneurs et clients. Ces solutions offrent des résultats exploitables sur place beaucoup plus rapidement qu'un test traditionnel en laboratoire, tout en aidant la santé publique à retrouver plus efficacement les contacts positifs.    

En tant que décideur dans une entreprise, vous comprenez que les tests sont le meilleur moyen de montrer à vos collègues et partenaires commerciaux que vous êtes sérieux quant à leur sécurité et au maintien d'un environnement de travail exempt de virus. Maintenant que vous avez décidé de mettre en place des tests dans l'entreprise, quelles sont les prochaines étapes de cette mise en œuvre ?

Si vous envisagez d'actualiser un programme ou un protocole de test dans votre entreprise, vous avez très probablement déjà mis en place une stratégie de dépistage et de nettoyage. Mais vous souhaitez être plus proactif en matière de détection de cas potentiellement positifs que de vous fier uniquement aux méthodes de nettoyage et de dépistage.

Vous avez probablement fait des recherches sur les unités RT-PCR et vous êtes maintenant convaincu que ce serait la meilleure option pour les tests. Vous savez qu'elle permet de tester efficacement les personnes qui doivent venir dans vos locaux, d'obtenir des résultats rapidement et de pouvoir réagir en conséquence.

La partie la plus cruciale du processus de mise en œuvre doit avoir lieu avant que l'appareil mobile ne soit sur votre site. Si cela n'a pas été fait auparavant, vous devrez maintenant établir vos relations avec votre bureau régional de santé publique et élaborer votre stratégie de test.

Il est essentiel d'informer la santé publique de vos projets de dépistage car ils contrôlent les tests COVID dans toutes les provinces canadiennes. Avant d'acheter un appareil de RT-PCR, assurez-vous qu'ils approuvent l'utilisation de l'appareil dans vos locaux puisqu'il se trouve en dehors d'un laboratoire médical reconnu. 

Vous réalisez maintenant que vous devez disposer d'un site approprié pour effectuer les tests. L'appareil mobile RT-PCR est suffisamment petit pour être utilisé dans un environnement très restreint, mais il doit être propre. Le site doit être bien éclairé et sans encombrement. Les compteurs doivent également être non poreux pour faciliter la désinfection. Des protocoles de nettoyage appropriés doivent être mis en œuvre partout où l'appareil mobile doit être utilisé. Nous publierons un blog spécifiquement consacré au nettoyage et à la désinfection.

Notre dispositif de test est homologué par Santé Canada en tant que dispositif médical de classe IV. En tant que tel, il doit être effectué par un personnel de laboratoire clinique formé qui est familier avec le traitement des échantillons pour éviter la contamination, l'étiquetage des flacons et l'organisation des échantillons collectés, et qui a l'expérience des types de manipulations sensibles impliquées dans l'exécution de ce test.

Le personnel qualifié de votre laboratoire clinique sera très occupé à préparer les échantillons, à interpréter les résultats, à enregistrer les données et à assurer la maintenance du laboratoire. En outre, quelqu'un doit transmettre les résultats aux donneurs, ce qui implique du temps au téléphone ou à l'ordinateur. Il est utile de faire appel à une infirmière pour l'aider dans ces tâches, ainsi que pour collecter les échantillons par écouvillonnage.

À ce stade, vous avez compris la logistique et vous êtes heureux de la façon dont cela se présente sur le papier. Vous devez maintenant réfléchir à la partie la plus cruciale de votre programme de dépistage : la stratégie de dépistage.

La stratégie de test déterminera la charge de travail de votre équipe de laboratoire et, surtout, aura un impact sur votre productivité. Voici quelques questions auxquelles vous devrez répondre pour avoir une idée précise de votre protocole de test :

  • Qui allez-vous tester ?
  • Quels critères utiliserez-vous pour déterminer qui sera testé ?
  • Quelle est la fréquence des tests ?
  • Cette fréquence est-elle la même pour toutes les personnes testées ?
  • Les gens doivent-ils attendre d'avoir leurs résultats avant de se rendre sur leur lieu de travail ?
  • S'ils doivent attendre, où attendront-ils ?
  • Inclurez-vous les entrepreneurs dans notre programme ?
  • Que faire si nous avons un cas positif ?
  • Où sera située l'installation d'essai ?
  • Si vous disposez d'un site à plusieurs endroits, une unité d'essai fixe conviendra-t-elle ou vous faudra-t-il une unité mobile ?
  • Comment la stratégie de test s'inscrira-t-elle dans ma stratégie globale de lutte contre la pandémie ?
  • À quel niveau devons-nous impliquer la santé publique dans le processus ?
  • Qui communiquera avec la santé publique ? Quelles sont leurs attentes en matière de communication ?

Votre stratégie de test déterminera également votre allocation budgétaire. Les appareils mobiles ont une capacité de traitement des échantillons limitée. Votre stratégie de test déterminera le nombre d'appareils et de personnel dont vous aurez besoin pour atteindre vos objectifs de test. 

Vous devrez également vous préparer à vous procurer les consommables de laboratoire jetables dont vous aurez besoin, en fonction du nombre de tests que vous effectuerez. Il s'agit notamment de prélèvements de gorge ou nasaux, de milieux de transfert de virus, d'EPI (gants jetables, masques, etc.) et de produits de nettoyage.

Une fois que vous aurez répondu à la plupart de ces questions, vous devrez alors déterminer un calendrier pour mettre en place et appliquer le programme de test. Avec ce calendrier, vous devrez également établir une cadence pour la fréquence des tests et des nouveaux tests. Ceci est important car au cours des 4 premiers jours d'infection avant l'apparition des symptômes typiques, la probabilité de résultats faussement négatifs chez une personne infectée est très élevée. Le premier jour de l'infection, la probabilité d'un faux négatif est de 100 %, tandis qu'au quatrième jour, la probabilité tombe à 67 %. Il est donc important de créer une stratégie de dépistage plus fréquente pour les travailleurs qui pensent avoir été en contact avec une personne malade, ou pour les travailleurs postés qui passent de longues périodes sur et hors site, comme sur un site d'exploitation minière ou de forage pétrolier. (Source : Annals of Internal Medicine disponible à l'adresse suivante : https://www.acpjournals.org/doi/10.7326/M20-1495)

La mise en place et l'application de ces protocoles n'est pas, pour la plupart des entreprises, une tâche simple. Il faudra une personne dédiée, ayant de préférence une certaine connaissance de ce type de processus, pour diriger la mise en œuvre et guider les cadres supérieurs dans leurs décisions d'entreprise. À ce stade, différentes options s'offrent à vous. Vous pouvez faire du bricolage ou sous-traiter votre programme à un tiers qui gérera l'ensemble du processus de test pour vous.

Enfin, vous devrez communiquer le processus de contrôle renforcé que vous mettez en place à vos employés et aux parties prenantes. Il est important de le communiquer le plus tôt possible pour qu'ils comprennent que vous mettez en place un processus visant à créer un lieu de travail exempt de virus.

 Toutes les parties prenantes et l'équipe dirigeante doivent comprendre que le processus de test impliquant une unité mobile de RT-PCR n'est qu'un outil de plus dans votre processus de dépistage pour garantir un environnement sans virus. Le fait d'avoir un appareil RT-PCR sur votre site ne signifie pas que vous pouvez baisser votre garde sur les autres éléments importants de la stratégie de dépistage et de nettoyage/désinfection que vous avez mise en place.

Un environnement sans virus

Comme mentionné précédemment, ce n'est pas un processus facile à mettre en place. Cependant, il est très gratifiant de voir tous les éléments de votre stratégie de dépistage et de nettoyage/désinfection fonctionner ensemble de manière transparente pour prévenir les cas positifs sur votre lieu de travail.

Comment savons-nous que c'est si gratifiant ? Parce que nous avons aidé de nombreuses entreprises à atteindre leur objectif de mettre en place un processus de sélection de classe mondiale, et nous voyons combien il a été gratifiant pour elles de donner à leurs employés un environnement de travail sûr et une tranquillité d'esprit.

L'avantage TripleLock™

Les méthodes d'ADN environnemental (ADNe) présentent plusieurs avantages par rapport aux méthodes conventionnelles d'étude des espèces, en particulier lorsqu'elles sont réalisées avec l la bonne quantité d'expertise à chaque étape du flux de travail. Ces avantages comprennent des économies de temps et d'argent, en particulier lorsque la détection sur place est utilisée. L'ADNe offre une sensibilité et une spécificité plus élevées réduisant le biais de l'observateur par rapport à méthodes conventionnelles. L'ADNe réduit également les perturbations de l'espèce et de ses l'habitat naturel.

Bien que la science de l'ADN électronique soit relativement jeune, elle se développe rapidement, de nombreux aspects de la conception des enquêtes, des méthodes d'échantillonnage et des analyses de laboratoire étant acceptés comme les meilleures pratiques - et un jour comme des normes industrielles [1,2]. Cependant, les enquêtes ADNe qui ne respectent pas cet ensemble de meilleures pratiques peuvent rapidement tomber dans le piège d'une faible probabilité de détection et de résultats erronés. Bien que les enquêtes ADNe puissent sembler relativement simples à réaliser, on ne peut pas simplement prélever un échantillon d'eau dans une bouteille Nalgene et se rendre dans un laboratoire, en espérant obtenir une probabilité de détection optimale ou avoir une grande confiance dans leurs résultats. Les enquêtes ADNe de qualité sont menées en prenant soigneusement en compte tous les aspects de la conception de l'enquête et de la collecte et du traitement des échantillons.

Chez Precision Biomonitoring Inc., nous avons développé la plate-forme TripleLock™ qui repose sur les meilleures pratiques largement acceptées pour les enquêtes ADNe, ce qui nous place à l'avant-garde du secteur des enquêtes ADNe. Il est particulièrement important de mener des travaux solides sur l'ADNe à ce stade précoce si l'on veut que les méthodes d'ADNe soient acceptées afin que les avantages de l'ADNe puissent être utilisés pour les évaluations environnementales et la biologie de la conservation dans le monde entier. Le but de ce blog est de présenter les avantages de la plateforme TripleLock™ et de les comparer aux autres méthodes utilisées dans le secteur.

Plate-forme Noyau I : TripleLock™ qPCR Assays

Le premier noyau de la plate-forme TripleLock™ est constitué de des tests qPCR de haute qualité et rigoureusement validés pour la détection d'une cible espèces. Chez Precision Biomonitoring Inc., nous avons conçu et développé une méthode exclusive de développement de tests rigoureux, qui nous permet de concevoir et valider des essais de RCPQ spécifiques aux espèces et très sensibles. Nous a développé notre méthode en respectant et en dépassant les normes minimales d'information pour Publication des directives relatives aux expériences de PCR quantitative en temps réel (MIQE). Le site Les lignes directrices du MIQE définissent plusieurs normes à respecter pour assurer une et interprétables, et en construisant notre plate-forme sur la base de ces des normes rigoureuses, nous garantissons des résultats reproductibles tout en minimisant les erreurs. Notre TripleLock™ sont également vérifiés selon les normes internationales les plus strictes par un laboratoire de contrôle de la qualité de l'ordre de3 laboratoire accrédité par le parti ISO 17025. Les avantages de suivre les normes Les méthodes sont claires car elles produisent des résultats cohérents. Les analyses doivent se conforment à des normes aussi rigoureuses et ne peuvent être simplement collectées auprès de différents des sources de documentation et des rapports detiers, car cela dans une normalisation incohérente dans le catalogue.

Nous sommes fiers de développer nos propres analyses en interne, car opposé à l'obtention d'analyses publiées dans la littérature, car il nous permet d'optimiser les essais en utilisant nos méthodes et équipements de confiance. Alors que la qualité des Dans la littérature sur l'ADNe, les tests peuvent varier, mais il faut se rappeler qu'un test est plus qu'un simple ensemble d'amorces et de sondes, il englobe l'exacte le type de réactifs et d'instruments de RCPQ avec lesquels il a été validé. Ce signifie que la reproduction de la sensibilité exacte des essais publiés sur différents l'équipement peut entraîner des coûts et du temps supplémentaires, tout en s'éloignant du MIQE si les paramètres d'essai publiés ne peuvent pas être reproduits in vitro.

En outre, nos analyses sont conçues avec un contrôle positif (IPC) pour détecter l'inhibition de la PCR, une nécessité absolue pour éviter les faux résultats négatifs. De nombreux experts de la science de l'ADNe s'accordent à dire que la vérification de L'inhibition de la PCR fait partie des fondements d'un bon travail sur l'ADNe [2].

Noyau de la plate-forme II : Conception optimale des enquêtes

Le deuxième noyau de la plateforme TripleLock™ fournit des modèles d'enquête optimaux pour maximiser la probabilité de détection d'une espèce cible. Il est largement admis que la distribution de l'ADNe n'est pas homogène et dépend de plusieurs variables, notamment l'écologie des espèces, la qualité de l'eau, le pH et la turbidité, pour n'en citer que quelques-unes. C'est pour cette raison qu'il est si important de comprendre l'écologie de l'ADNe et la meilleure façon de le prélever. Notre plateforme réunit des plans d'échantillonnage optimaux, ainsi que des méthodes d'échantillonnage sophistiquées pour mener des enquêtes sur l'ADNe avec la plus grande confiance.

Nous prenons en compte les variables environnementales critiques, la biologie et l'écologie des espèces, et les considérations spécifiques au site qui sont directement liées à l'objet de l'étude. Chez Precision Biomonitoring, nous utilisons une méthode brevetée sur la base d'une analyse statistique, y compris la modélisation de l'occupation de l'habitat, pour déterminer l'optimalité de l'échantillonnage pour une enquête ADNe donnée. Nous sommes actuellement développer un outil logiciel (brevet en instance) qui permettra une enquête personnalisée des modèles basés sur les données d'ADN électronique les plus récentes disponibles. Ce plan d'enquête ajoute un autre niveau de cohérence et de normalisation à notre flux de travail.

La base d'un bon plan d'échantillonnage est la façon dont les échantillons sont collectés au départ. Nos méthodes d'échantillonnage sur le terrain sont bien plus avancées que les autres offres. Precision Biomonitoring utilise le sac à dos d'échantillonnage ANDe™, le premier système d'échantillonnage d'ADN électronique aquatique spécialement conçu [4]. Le ANDe™ offre une plus grande polyvalence d'échantillonnage, nous permettant d'échantillonner plus efficacement en profondeur, sur plusieurs transects, avec un débit accru et des volumes d'eau plus importants. Par exemple, nous pouvons échantillonner des espèces qui résident généralement au fond d'un lac, à une profondeur de 30 pieds, très facilement en utilisant le système ANDe™, ce qui augmente considérablement l'efficacité d'une telle étude. C'est quelque chose qui ne peut pas être fait en utilisant de petites bouteilles en plastique pour échantillonner les eaux de surface, une pratique de faible fidélité proposée par d'autres dans l'industrie. Nos méthodes de conception d'enquête ainsi que nos techniques d'échantillonnage avancées nous permettent de réaliser des enquêtes d'ADN électronique de qualité supérieure par rapport à d'autres dans le secteur de l'ADN électronique.

Noyau de la plate-forme III : Détection sur site

Le troisième noyau de la plateforme TripleLock™ est la détection sur site qui permet d'obtenir des résultats rapides sur le terrain. La détection sur site regroupe plusieurs composantes de nos méthodes d'échantillonnage sur le terrain, notamment le système de filtration ANDe™, ainsi que l'extraction d'ADN sur site et l'analyse par RCPQ. Les avantages de la détection sur site se présentent lorsque l'obtention des résultats est sensible au temps et qu'une décision est en attente. En utilisant le kit de préparation d'échantillons d'ADN électronique de Biomeme et Biomeme Three9™, un dispositif portable de RCPQ, nous pouvons obtenir des résultats sur le terrain et les communiquer rapidement, via une connectivité de données intégrée, à un décideur. Cela signifie qu'il n'est plus nécessaire d'attendre que les échantillons soient transportés et analysés dans un laboratoire central. Un autre avantage de ces méthodes est qu'en filtrant, extrayant et éluant l'ADN dans un tampon au pH et thermostable, sur le terrain, nous minimisons le potentiel de dégradation de l'échantillon pendant le transit, ce qui diminue la possibilité de faux négatifs.

L'élimination du potentiel de dégradation de l'échantillon est une l'avantage de nos méthodes de terrain par rapport aux méthodologies proposées par d'autres. Par en extrayant rapidement l'ADN d'un filtre dans un tampon stable que nous préservons des fragments précieux d'ADN électronique pour l'analyse.

Il existe plusieurs sociétés d'analyse d'ADN électronique qui proposent des "kits" de prélèvement composés de bouteilles en plastique qui servent à saisir un petit échantillon de surface qui doit ensuite être renvoyé à un laboratoire avant toute analyse peut commencer. L'utilisation de bouteilles en plastique portatives permet au technicien de se placer à l'endroit précis où ils doivent prélever des échantillons, ce qui provoque des perturbations dans l'eau et augmente le potentiel de transmission de contaminants par ledit technicien entre les prélèvements points, sans parler de la contamination provenant de l'extérieur humide d'une bouteille. En utilisant le système ANDe™, nous permettons à nos techniciens d'être jusqu'à 3,6 mètres à partir du point où l'échantillon est prélevé, et contenir notre échantillon dans un cartouche filtrante à usage unique, fermée et stérile, réduisant considérablement la potentiel de contamination.

Outre les graves inconvénients qui découlent du fait d'être limité aux échantillons de surface en raison de l'utilisation de bouteilles, d'autres inconvénients et Le transport d'échantillons d'eau vers un laboratoire pour analyse suscite des inquiétudes. Le transport d'échantillons d'eau offre à l'ADNe d'importantes possibilités se dégradent. Le transport d'échantillons d'eau sur la glace peut potentiellement diminuer la dégradation mais ne l'élimine pas. En outre, les retards d'expédition, en particulier pendant les temps chaud, rendent la conservation d'échantillons d'eau froide difficile sur le plan logistique et à temps impossible. En extrayant et en analysant l'ADN sur le terrain, nous éliminons les de l'ADN, et d'éliminer ces importants problèmes logistiques. défis.

En outre, en minimisant la dégradation de l'ADN, nous éliminons la la nécessité d'effectuer des tests supplémentaires superflus, ambigus et coûteux de RCPQ pour les l'ADNe total viable. Ces tests sont souvent basés sur l'ADN végétal/alégal. Plantes/algues les cellules sont entourées de parois cellulaires résilientes qui empêchent la lyse osmotique, mais Les cellules animales ne le sont pas. En théorie, cela signifie que plus d'ADN végétal/algique peut être conservés à l'intérieur de cellules prises sur des filtres avant l'extraction de l'ADNe, alors que les les cellules perdent facilement leur intégrité et libèrent de l'ADN, ce qui en réduit la durée de vie par rapport aux à l'ADNe d'origine végétale. Les conclusions sur l'intégrité d'un animal cible Les espèces dont l'ADN est basé sur les résultats d'un test basé sur les plantes sont susceptibles suspect. En outre, les tests de l'ADNe total d'une famille d'organismes, tous les poissons pour par exemple, sont également superflues. L'ADN cible peut être en très faible abondance par rapport à l'ADNe total, qui s'avère être > 0,0004 % de l'ADNe total dans certains cas [5]. En théorie, les tests de l'ADNe total de poissons ou d'amphibiens ne donnent probablement pas des informations pertinentes sur l'intégrité de l'ADNe d'une seule espèce cible, notamment dans les cas où les échantillons sont prélevés dans un endroit isolé ou à une profondeur où d'autres les organismes d'une famille ne peuvent pas habiter. Un exemple théorique d'un tel cas est lorsqu'un habitat construit par l'homme, c'est-à-dire une rivière réhabilitée, est habité à seulement quelques espèces pionnières ou réintroduites. Dans ces cas, un test pour l'ADNe total des poissons peut être interprété comme un faux négatif en raison d'une faible l'abondance, et non une faible intégrité.

La plate-forme TripleLock™ de Precision Biomonitoring rassemble de multiples aspects de la biologie moléculaire, de la conception d'enquêtes environnementales et et des innovations de pointe pour produire des enquêtes d'ADN électronique de référence. Le site le développement de notre plateforme est ancré dans les meilleures pratiques pour les enquêtes eDNA ainsi que des normes telles que les directives MIQE, rendant la précision La biosurveillance d'un leader du secteur pour les enquêtes sur l'ADN électronique.

Références :

1. Wilcox TM, Carim KJ, Young MK, McKelvey KS, Franklin TW, Schwartz MK. Commentaire : L'importance du son Méthodologie de l'échantillonnage de l'ADN dans l'environnement. North Am J Fish Manag. 2018 ; 1–5. doi:10.1002/nafm.10055

2. Goldberg CS, Turner CR, Deiner K, Klymus KE, Thomsen PF, Murphy MA, et al. Considérations critiques pour la l'application de méthodes d'ADN environnemental pour détecter les espèces aquatiques. Méthodes Ecol Evol. 2016;7 : 1299-1307. doi:10.1111/2041-210X.12595

3. Bustin SA, Benes V, Garson JA, Hellemans J, Huggett J, Kubista M, et al. Les lignes directrices du MIQE : Minimum Informations pour la publication d'expériences quantitatives de PCR en temps réel. Clin Chimie. 2009;55 : 611-622. doi:10.1373/clinchem.2008.112797

4. Thomas AC, Goldberg CS, Howard J, Nguyen PL, Seimon TA, Thomas AC. ANDe TM  :Une système de prélèvement d'ADN dans l'environnement. 2018;2018 : 1379–1385. doi:10.1111/2041-210X.12994

5. Turner CR, Barnes MA, Xu CCY, Jones SE, Jerde CL, Lodge DM. La distribution de la taille des particules et la capture optimale des ADNe macrobien aqueux. Gilbert M, éditeur. Methods Ecol Evol. 2014;5 : 676-684. doi:10.1111/2041-210X.12206

Exploration des normes de type MIQE pour la détection moléculaire de l'ADN électronique basée sur les RCPQ

Exploration des normes de type MIQE pour la détection moléculaire de l'ADN électronique basée sur les RCPQ

Dans le précédent nous avons brièvement évoqué les normes MIQE - des lignes directrices publiées pour promouvoir des normes minimales de communication des données de RCPQ provenant d'essais cliniques, utilisées pour détecter de petits changements relatifs dans l'expression des gènes dans les cellules ou les tissus, ou pour quantifier la quantité de pathogène(s). La plupart des les travaux contemporains sur l'ADN environnemental sont menés en utilisant les approches de la RCPQ, c'est il est logique que des normes similaires soient développées pour le travail sur l'ADNe, qui devrait - il sera soutenu - vont au-delà de ce qui est acceptable pour les applications cliniques.

C'est un peu d'un retournement de convention dans les milieux scientifiques, comme c'est normalement le cas que les applications cliniques nécessitent une charge de preuve élevée pour étayer toute les conclusions tirées des données expérimentales. Toutefois, en raison de l'écologie de l'environnement de l L'ADNe, sa distribution dans les systèmes naturels avec une myriade de sources potentielles de génération et la dégradation, alliées à la nature hiérarchique de son échantillonnage, je crois L'ADNe présente un cas particulier où des normes plus rigoureuses devraient être appliquées que des milieux cliniques afin que la confiance dans nos résultats soit assurée.

Quelles sont les Les principales différences dans l'utilisation de la RCPQ pour détecter les changements dans l'expression des gènes ou les charge, par exemple, d'utiliser le qPCR pour détecter l'ADN électronique ? La figure ci-dessous illustre la pour A) effectuer une analyse de l'expression génique par RCPQ aux côtés de B) a le flux de travail générique de l'ADNe. En A) un chercheur dispose d'un échantillon de tissu, dans dont la teneur en acide nucléique est garantie. Imaginez qu'ils veulent tester pour les niveaux d'expression d'un gène qui est supposé jouer un rôle positif rôle dans l'atténuation du stress chez les plantes soumises à un facteur de stress environnemental. Dans Dans le cadre de ces études, les niveaux d'expression sont comparés à des gènes dits de référence, qui sont toujours exprimés, de sorte que toute modification du gène cible peut être après normalisation des niveaux d'expression. Bien que les plantes dans un contrôle Si la parcelle de terrain devait montrer une faible expression du gène cible, elle serait quand même que l'on s'attend à trouver, bien qu'à des niveaux réduits, dans les tissus végétaux soumis à les extractions d'acides nucléiques (dans ce cas, l'ARN messager, qui est converti en ADN (ADN complémentaire ou ADNc)) dans un processus appelé transcription inverse, donc que la cible se prête à une RCPQ basée sur l'ADN. En tant que tel, on s'attend à ce que beaucoup de l'ADNc, s'il devait être visualisé à l'aide de techniques de gel de laboratoire standard. Voir sera toujours beaucoup plus - et stable - l'expression du gène de référence ARNm, et par extension ADNc. En bref : il existe une source fiable d'ADNc, qui constitue le modèle pour les tests de RCPQ pour le gène cible et le gène(s) de référence.

Flux de travail génériques pour la conduite A) de l'expression génique qPCR et B) de l'ADNe qPCR

Réfléchissez donc, l'ADN de l'environnement. Laisser de côté l'écologie complexe de l'ADNe (sous réserve d'un autre billet de blog mais voir l'excellente critique de Barnes and Turner [2]), la distribution de l'ADNe dans une masse d'eau est largement éphémère et à un niveau beaucoup plus faible sans aucune garantie que l'échantillonnage entraînera des molécules d'ADN ou des débris cellulaires dans les tubes de prélèvement ou sur des papiers filtres. Il existe un source importante d'erreur d'observation à ce stade, qui est en grande partie absent dans les études d'expression génétique, bien que tous deux partagent des erreurs de procédure qui peut avoir un impact sur le succès de la RCPQ en aval. En fonction de facteurs tels que le volume de l'eau échantillonnée et de la taille des pores des filtres, la quantité d'ADNe total collectées peuvent varier considérablement, mais si elles sont visualisées sur un gel, elles sont moins susceptibles de contenir autant de cible que l'ARNm extrait du tissu s'est transformé en ADNc.

Effectuer une RCPQ pour A) ou B) nécessite de prendre une quantité d'ADNc total ou d'ADNe total pour utiliser comme modèle pour les réactions. La probabilité de sous-échantillonner cet extrait et de ne pas être détecté est plus élevé pour l'ADNe, en raison de la rareté supplémentaire de l dans l'échantillon d'eau - qui n'a peut-être pas été prélevé du tout - et et par la rareté relative de la molécule cible dans la soupe d'ADNe total molécules. Pour l'ADNe, nous avons deux des incertitudes dans l'échantillonnage dues aux deux événements - de la masse d'eau et de l'ADNe total - qui ont pour effet d'augmenter l'erreur statistique sous-jacente.

En résumé : L'ADNe doit adopter des tests plus sensibles et, sans doute, plus spécifiques que les applications cliniques. Plus spécifique ? Eh bien, si de nombreux gènes évoluent au cours de évolution par le biais de la duplication et des divergences qui en découlent, ces événements sont localisé à des familles de gènes, de sorte que lorsque l'on développe un test qPCR pour un gène avec un certain nombre d'orthologues et de paralogues similaires à l'évolution, le nucléotide la divergence entre ces gènes et tous les autres dans le génome d'un seul tissu est énorme, un dn donc une amplification non spécifique d'un gène non cible atténué. Toutefois, lorsqu'on utilise un marqueur d'ADN électronique, ce même segment d'ADN (par exemple COI locus) est présente dans toutes les non cibles, car elle a été héritée par un ancêtre. Cependant, l'évolution va augmenter le nombre de différences nucléotidiques entre les espèces au fil des générations. Toutefois, des taxons plus récemment divergents peuvent ne présentent pas suffisamment de variations entre les espèces pour concevoir un test approprié - mais voir le blog précédent pour un traitement approfondi de la conception et de la cible des tests spécificité.

Dans le prochain je vais discuter de la manière exacte dont nous estimons LOD, LOQ - en adoptant davantage le MIQE et comment nous optimisons un essai pour qu'il soit rigoureux, reproductible et test d'ADN électronique reproductible. Pour ce faire, nous devons non seulement optimiser la cible, mais aussi d'identifier et d'approuver les facteurs qui introduisent des variations dans le système, la plupart des inhibiteurs de la PCR. Je vais décrire comment nous utilisons les conseils de type MIQE et des éléments synthétiques de contrôle interne positif pour déterminer la fiabilité des résultats de l'ADNe. Nous discuterons également à l'avenir de la manière dont l'écologie de l'ADNe et les performances des essais pilotes peuvent être utilisées pour optimiser la détection (et la quantification potentielle) des études ciblées de détection de l'ADNe.

(1) Bustin et al. (2009). Les lignes directrices du MIQE : informations minimales pour la publication des expériences de RCPQ. Clinical Chemistry 55, doi.org/41373/clinch.2008.112797.

[2] Barnes et Turner (2016). Le site l'écologie de l'ADN environnemental et les implications pour la génétique de conservation. Conservation Genetics, 17, 1-17.

(3) Doi et al. (2017). Environnement Analyse de l'ADN pour estimer l'abondance et la biomasse des poissons de rivière. Freshwater Biology, 62, doi.org/10.1111/fwb.12846.

 (4) Nevers et al. (2018). L'ADN de l'environnement (eDNA) : un outil pour quantifier le gobie à taches noires, abondant mais insaisissable (Neogobius mélanostomus). PLoS One, 13, doi.org/10.1371/journal.pone.0191720.

(5) Evans et al. (2016). Quantification de la diversité des espèces de poissons et d'amphibiens du mésocosme par l'ADNe le métabarcodage. Écologie moléculaire Ressources, 16, doi/10.1111/1755-0998.12433.

(6) Hunter et al. (2016). Limites de détection de tests PCR quantitatifs et numériques et leur influence en présence-absence des enquêtes sur l'ADN électronique. Écologie moléculaire Ressources, 17, doi/10.1111/1755-0998.12619.

(7) Forootan et al. (2017). Méthodes pour déterminer la limite de détection et la limite de quantification en PCR en temps réel (qPCR). Détection biomoléculaire Quantification, 12, 1-6.

***cDNA vs eDNA (diagramme de la fabrication et de la détection de chacun) ? - gamme largement déterministe de signal vs. signal éphémère stochastique ; # orthologues/paralogues intragénomiques vs. interspécifique ; les cibles sont constantes à l'intérieur des cellules vs. éphémères et temporel-spatial de la distribution des espèces et des prédicteurs du taux d'excrétion et Décomposition de l'ADNe dans les écosystèmes. ***

Détection de l'ADN électronique - L'importance de la spécificité et de la sensibilité des tests Partie I : Introduction aux directives MIQE et à la génération et à la conservation des bases de données de séquences d'ADN pour la conception de tests qPCR

MIQE - une brève introduction

En 2009, Bustin et ses collègues[1] ont codifié un ensemble d'exigences minimales pour la publication de données quantitatives en temps réel sur l'amplification en chaîne par polymérase (qPCR), apparemment destinées aux domaines de la médecine clinique et de la biologie moléculaire, afin de garantir des ensembles de données rigoureux qui permettent aux chercheurs de quantifier les changements subtils dans l'expression de gènes particuliers ou dans l'estimation de la charge virale, par exemple. Dans les études sur l'expression des gènes, les changements fractionnaires dans la production de molécules messagères intracellulaires, appelées ARNm, qui transmettent l'information génétique codée dans les gènes à leur forme protéique ou finale, doivent être perçus de manière à tester des hypothèses cruciales d'importance physiologique, médicale et même évolutive et écologique. Bustin et al. abordent certaines des normes minimales obligatoires qui doivent être signalées pour assurer une détection robuste continue des acides nucléiques à faibles concentrations. Ces normes ont été appelées les lignes directrices MIQE : Minimal Information pour la publication de QPCR quantitatif Expériences.

Nous discuterons de ces directives et de leur comparaison avec les normes de l'ADNe dans les prochains articles, mais pour l'instant nous divulguerons la principale différence entre les études qui invoquent le MIQE et celles qui impliquent une quantification environnementale de l'ADN à l'aide du qPCR : les concentrations d'ADNe, selon les circonstances dans lesquelles il est collecté, sont susceptibles d'être inférieures de plusieurs ordres de grandeur à de nombreux changements observés dans le niveau d'expression de l'ARNm ou les niveaux absolus des génomes viraux présents dans les tissus. Par conséquent, nous devons modifier les normes MIQE pour garantir que les enquêtes sur l'ADNe soient protégées des accusations de normes trop laxistes qui peuvent entraîner l'apparition importante d'erreurs de type I et II (faux positifs et négatifs, respectivement). Comme l'ADN ancien (ADNa) auparavant, la détection de l'ADNe doit élever ces normes à un niveau supérieur étant donné la nature beaucoup plus éphémère des molécules cibles dans les systèmes naturels contemporains.

L'importance de la spécificité et de la sensibilité

Partagée avec l'ADN et les applications biomédicales des tests de RCPQ, elle dépend de deux pierres de touche de la détection moléculaire : la spécificité (ou : quelle est la probabilité de détecter incorrectement une non-cible, ce qui peut entraîner une erreur de type I si elle n'est pas totalement spécifique à la ou aux cibles ?) et la sensibilité (ou : quelle est la probabilité de détecter des concentrations extrêmement faibles de l'espèce cible, ce qui, s'il n'est pas quantifié, peut entraîner une erreur de type II? La toute première étape pour minimiser ces sources potentielles d'erreur consiste à concevoir des tests in silico extrêmement robustes, ce qui dépend, de manière cruciale, de la disponibilité de données génomiques substantielles provenant des organismes cibles et des organismes sympatriques (co-distribués) non cibles avec lesquels concevoir des tests hautement discriminants. Pour ce faire, l'information génomique est primordiale ; il faut recueillir et conserver un ensemble important d'informations sur les séquences génétiques.

L'information est la clé - Une justification de l'évolution et de la génétique des populations pour la génération et la conservation des données

Quelle quantité d'informations génomiques est suffisante ? Et comment expliquer les niveaux élevés de variation génétique au sein d'une même espèce et les faibles niveaux de divergence des séquences génomiques entre des espèces étroitement apparentées, sœurs et/ou cryptiques ? Autant d'excellentes questions auxquelles il faut répondre de manière satisfaisante, faute de quoi on ne peut en toute bonne conscience publier ou mettre à disposition un test générique pour l'espèce cible en question.

Coda

Dans cet article, nous avons largement discuté de la collecte et de la conservation des données pour concevoir un essai spécifique à l'espèce qui sera généralement déployé dans toute l'aire de répartition d'une espèce, ou au moins dans les populations à partir desquelles les données de séquence ont été générées. Ici, à l'IBP, nous développons également de nouvelles méthodes pour séparer même des espèces très proches les unes des autres avec de faibles niveaux de variation nucléotidique. Dans le même ordre d'idées, nous espérons également concevoir des tests spécifiques aux populations qui pourraient être capables de cibler des unités significatives pour l'évolution (USE) et des unités de gestion ou de conservation (UG/C) individuelles[9].

Dans le prochain blog, nous développerons plus avant les normes minimales requises d'un test qPCR d'ADN électronique fiable, robuste et réputé, et comment ces exigences étendent et embellissent celles des lignes directrices du MIQE. Nous traiterons en détail les concepts LOD (limite de détection) et LOQ (limite de quantification) et nous demanderons : quels sont les paramètres requis (CARP) pour la conception, l'optimisation et la validation des tests ADNe ?

(1 ) Bustin et al. (2009). Les lignes directrices du MIQE : informations minimales pour la publication des expériences de RCPQ. Clinical Chemistry 55, doi.org/41373/clinch.2008.112797.

(2 ) Lahoz-Monfort et al. (2015). Approches statistiques pour tenir compte des erreurs faussement positives dans les échantillons d'ADN environnementaux. Molecular Ecology Resources, 16, doi : 10.1111/1755-0998.12486.

(3 ) Hale et al. (2012). Échantillonnage pour les études de génétique des populations par microsatellite : 25 à 30 individus par population suffit pour estimer avec précision les fréquences des allèles. PloS One, doi : 10.1371/journal.pone/0045170

(4 ) Luo et al. (2018). Héritage biparental de l'ADN mitochondrial chez l'homme. Actes de l'Académie nationale des sciences, doi : 10.1073/pnas.1810946115

(5 ) Benasson et al. (2001). Mitochondrial pseudogenes : evolution's misplaced witnesses. Trends in Ecology and Evolution, 16, 314-321.

[6] Smith & Smith (1996). Divergence des nucléotides synonymes : qu'est-ce que la "saturation" ? Genetics, 142, 1033-1036.

[7] Felsenstein J (2003). Inferring Phylogenies, Sunderland (Sinauer).

(8 ) Crête-Lafrenière et al. (2012). Encadrement du portrait phylogénétique de la famille des Salmonidés : une image plus complète grâce à un échantillonnage accru des taxons. PloS One, doi : 10.1371/journalpone.0046662.

(9 ) Palsbøll et al. (2006). Identification des unités de gestion utilisant les données génétiques des populations. Trends in Ecology and Evolution, 22, 11-16.

Utilisation de l'ADN environnemental (ADNe) pour surveiller les écosystèmes aquatiques

La surveillance de l'ADN environnemental - ADNe - est à l'avant-garde d'une nouvelle vague d'efforts de surveillance technologiquement avancés. Enraciné dans le sol et la paléoécologie, l'ADNe a été utilisé pour la première fois pour détecter un organisme aquatique multicellulaire - le grenouille-taureau américaine envahissante Lithobates catesbeianus -dans un article scientifique de référence de Ficetola et al. en 2008[1]. En appliquant la réaction en chaîne de la polymérase (PCR), largement utilisée mais très sensible - une réaction qui "amplifie" une séquence d'ADN spécifique dans un échantillon, uniquement si l'ADN de l'espèce est présent en petite quantité - Ficetola et ses collègues ont détecté l'ADN des grenouilles dans des sédiments filtrés de la colonne d'eau. Pour comprendre pourquoi, une définition de travail actuelle de l'ADNe - adoptée par la plupart des écologistes - sera éclairante : l'ADNe est "...du matériel génétique obtenu directement à partir d'échantillons environnementaux (sol, sédiment, eau, etc.) sans aucun signe évident de matériel biologique source" (Thomsen & Willerslev 2015[2]). Des exemples de la manière dont l'ADNe est excrété par un organisme - par exemple, ici une tortue peinte du milieu du pays, Chrysemys picta - sont illustrés dans la figure ci-dessous.

Photo 1 du blog

Dans la figure, les cellules contenant de l'ADN sont constamment ou périodiquement éliminées des parois internes de l'intestin de la tortue, du système de reproduction, par la régurgitation de la nourriture, le remplacement des cellules de la peau et du mucus, l'évacuation des déchets et la libération des cellules sexuelles (c'est-à-dire les spermatozoïdes et les ovules). Une fois dans l'eau, l'ADN est en quelque sorte protégé à l'intérieur des cellules. Finalement, les cellules sont décomposées et l'ADN est libéré dans l'environnement aqueux où il se retrouve en solution. Bien que l'ADNe soit épuisé par un certain nombre de processus biologiques, chimiques et physiques, il continuera à se reconstituer si l'organisme continue à vivre dans le voisinage. En d'autres termes, le signal de l'ADNe sera d'autant plus fort qu'il sera proche de sa source, et il augmentera également lorsque la population locale comptera davantage d'individus, si le volume d'eau reste le même. Par conséquent, un signal d'ADNe peut être un indicateur fiable de la présence de l'espèce cible dans un habitat donné.

Quels sont les principaux avantages de la surveillance de l'ADNe ? Tout d'abord, il n'est pas nécessaire d'échantillonner physiquement l'espèce, ce qui minimise les perturbations associées à la surveillance ciblée des créatures vivantes sensibles au stress. De plus, comme seuls des échantillons d'eau sont prélevés, et par quelques personnes, il y aura une diminution de l'empreinte environnementale associée aux efforts de surveillance en tant que tels. La PCR étant un test de biologie moléculaire très sensible, les études d'ADN électronique ont tendance à être beaucoup plus sensibles pour pouvoir détecter des espèces rares ou cryptiques que les méthodes conventionnelles (par exemple, Schmelzle & Kinziger 2016[3]). Par conséquent, les enquêtes ADNe spécifiques aux espèces sont également potentiellement beaucoup plus rentables que les techniques conventionnelles. En outre, n'importe qui peut prélever un échantillon d'eau, en suivant des instructions simples, ce qui démocratise et facilite les projets de science citoyenne dans le monde entier. En effet, les entreprises qui proposent actuellement des services de détection de l'ADN électronique sont basées sur un modèle d'échantillons d'eau prélevés par du personnel non professionnel et technique pour être traités dans un laboratoire central.

Cependant, comme l'ADNe est une technologie naissante, des incertitudes existent quant à certaines des conclusions tirées des premières études sur l'ADNe. Cependant, ces questions (c'est-à-dire les sources d'"erreur") font l'objet d'un examen continu par les scientifiques, y compris ici à Precision Biomonitoring, afin de minimiser leurs impacts. Ainsi, toutes les sources d'erreur potentielles, telles qu'elles sont actuellement comprises, doivent être reconnues et intégrées dans tout développement technique (c'est-à-dire la conception, la production et la validation de tests PCR spécifiques aux espèces) ou dans les protocoles opérationnels standard pour les études de terrain. Par exemple, les organismes sont susceptibles de se déplacer tout au long de leur vie. La saisonnalité s'est avérée être un facteur important dans le succès de la détection de l'ADNe (de Souza et al. 2016[4]). Il est impératif que les enquêtes soient menées avec une connaissance approfondie de l'écologie d'une espèce, notamment en ce qui concerne les distributions actuelles et les préférences en matière d'habitat, sinon une enquête inadéquate conduira à un résultat faussement négatif, c'est-à-dire à la déduction d'une cible comme étant absente alors qu'elle est réellement présente ; tout simplement non détectée. Le fait de ne pas tenir compte des faux négatifs peut avoir de graves répercussions financières si les projets d'infrastructure sont par la suite arrêtés, mis en attente ou abandonnés en raison de la redécouverte de la cible par un écologiste intrépide ou un membre du public. Les faux négatifs peuvent également résulter d'un développement inapproprié des tests, de la sous-estimation de la diversité génétique au sein de l'espèce sur les sites d'amplification PCR, et du processus actuel disjoint par lequel les échantillons d'ADN électronique sont traités par la majorité des praticiens de l'ADN électronique.

Comme indiqué précédemment, l'ADNe se décomposera s'il est laissé exposé aux processus du monde naturel. Par conséquent, l'ADN électronique collecté risque de se décomposer après l'échantillonnage, car il n'y aurait pas de mécanisme de reconstitution de l'ADN électronique dans le récipient de collecte, ce qui réduirait le signal de l'ADN électronique et pourrait empêcher d'obtenir un résultat positif à la PCR. Par conséquent, le risque de dégradation de l'ADNe pendant l'échantillonnage - en particulier les jours chauds et ensoleillés - et pendant le transit entre le terrain et le laboratoire, est très important. Un stockage inapproprié peut également détruire l'ADNe (par exemple, la formation de cristaux d'eau pendant la congélation peut "déchiqueter" les molécules d'ADN). Pour aggraver encore le statu quo, malgré les efforts des laboratoires actuels, il existe toujours un risque important de résultats faussement positifs de la PCR, dû au transport de particules d'ADN en aérosol entre les laboratoires à l'intérieur des bâtiments par des voies de ventilation. La plupart des praticiens de l'ADN électronique cherchent à séparer physiquement le traitement des échantillons d'ADN électronique (par exemple, les papiers filtres ou les échantillons d'eau précipitée) avec la détection PCR en aval, mais même cela est loin d'être infaillible.

Ici, à Precision Biomonitoring, nous sommes sur le point de dévoiler une plateforme de pointe qui cherchera à éliminer, ou à minimiser, ces sources d'erreurs d'analyse et d'échantillonnage de l'ADN électronique, par l'éradication des étapes de transit vers un laboratoire central et l'application de procédures opérationnelles standard. En outre, nous ferons avancer la cause d'un domaine de biosurveillance démocratisé dans lequel aucune spécialité technique n'est nécessaire pour effectuer des tests sophistiqués spécifiques aux espèces, basés sur la PCR. Notre système, qui utilise des tests PCR sur mesure, produira des résultats d'eDNA PCR en temps réel (

Notre objectif est de donner à ceux qui travaillent sur le terrain de la surveillance de la biodiversité (des écologistes professionnels aux projets scientifiques citoyens locaux), le pouvoir de mener des études d'ADN électronique très rigoureuses et potentiellement très coordonnées, afin de mieux garantir le patrimoine mondial de biodiversité pour toutes les générations à venir.

(1 ) Ficetola et al. (2008). Détection des espèces à l'aide de l'ADN environnemental des échantillons d'eau. Biology Letters, 4, 423-425.

2] Thomsen & Willerslev (2015). ADN environnemental - Un outil de conservation émergent pour la surveillance de la biodiversité passée et présente. Biological Conservation, 183, 4-18.

[3] Schmelzle & Kinziger (2016). Utilisation de la modélisation de l'occupation pour comparer l'ADN environnemental aux méthodes traditionnelles de terrain pour la surveillance à l'échelle régionale d'une espèce aquatique menacée. Molecular Ecology Resources, 16, 895-908.

(4 ) de Souza et al (2016). La probabilité de détection de l'ADN environnemental (eDNA) est influencée par l'activité saisonnière des organismes. PLoS One, doi : 10.1371/journal.pone.0165273